Perfila bacterias, arqueas y hongos con resolución de un solo nucleótido (ASV) o reconstruye genomas completos desde una muestra ambiental.
Ofrecemos las dos grandes familias de análisis microbiómico: amplicones marcadores (16S rRNA para bacterias/arqueas, ITS para hongos, 18S para eucariontes), y shotgun metagenomics para resolución funcional y a nivel de cepa.
Nuestro pipeline estándar de amplicones usa DADA2 para resolución por ASV (Amplicon Sequence Variant), eliminando los problemas de OTUs al 97% y permitiendo distinguir especies por una sola base.
Aplicaciones: microbioma humano (intestinal, oral, vaginal, piel), microbioma animal, suelos agrícolas, ambientes acuáticos, fermentaciones industriales, vigilancia de patógenos.
| FASTQ crudos | R1 + R2 demultiplexados |
|---|---|
| Tabla ASV/OTU | Por muestra · biom + tsv |
| Taxonomía | SILVA · UNITE · GTDB |
| Diversidad α | Shannon · Simpson · Chao1 |
| Diversidad β | UniFrac · Bray-Curtis · PCoA |
| Reporte interactivo | HTML con plots dinámicos |
Bacterias y arqueas. Regiones V3-V4, V4 o full-length disponibles.
| Reads | ~50.000 / muestra |
|---|---|
| Costo | Más económico |
| TAT | 4 semanas |
ITS1/ITS2 para hongos. 18S para eucariontes (protistas, microalgas).
| Reads | ~50.000 / muestra |
|---|---|
| Pipeline | DADA2 + UNITE |
| TAT | 4 semanas |
Resolución a nivel de gen funcional, cepa y reconstrucción de MAGs.
| Reads | 20–50 M / muestra |
|---|---|
| Pipeline | nf-core/mag · MetaPhlAn |
| TAT | 6–8 semanas |
| Tipo | Heces · saliva · hisopado · tejido · suelo · agua · sedimento · DNA extraído |
|---|---|
| Cantidad mín. (DNA) | 50 ng (ideal ≥100 ng) |
| Cantidad mín. (muestra fresca) | 200 mg sólido · 2 mL líquido |
| Conservante | RNAlater · DNA/RNA Shield · -80°C |
| Controles | Recomendamos incluir mock community + extracción negativa |