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Servicios / RNA-Seq
Transcriptómica

RNA-Seq · expresión diferencial

Cuantifica qué genes se están expresando, en qué cantidad y cómo cambian entre condiciones. Resultados con bioinformática completa y reporte listo para publicación.

Cotizar RNA-Seq Ver entregables →
Descripción

Del RNA total al gen diferencialmente expresado.

Nuestro flujo estándar de RNA-Seq incluye preparación de librería con TruSeq Stranded mRNA (poly-A) o Ribo-Zero (rRNA depletion), secuenciación en NovaSeq X Plus y un pipeline bioinformático completo para identificar genes diferencialmente expresados (DEGs).

El reporte final incluye matrices de cuentas (TPM, FPKM, raw counts), análisis estadístico con DESeq2 o edgeR, visualizaciones (PCA, volcano plots, heatmaps) y enriquecimiento funcional con Gene Ontology (GO) y KEGG.

Aplicaciones: caracterización de respuestas a tratamientos, comparación entre tejidos, perfiles tumorales, biología del desarrollo y estudios de respuesta inmune.

Lo que recibes

FASTQ crudosR1 + R2 por muestra
Matriz de cuentasRaw · TPM · FPKM
DEG analysisDESeq2 / edgeR / limma
VisualizacionesPCA · MA-plot · volcano · heatmap
EnriquecimientoGO · KEGG · Reactome
Reporte HTMLInteractivo · listo para revisar
Configuraciones disponibles

Profundidad según tu pregunta científica.

📈

mRNA-Seq

Captura selectiva de mRNA por poliA. Estándar para análisis de expresión diferencial (DEG) en muestras de calidad estándar.

Librería tipoTruSeq stranded mRNA
Output6–9 Gb / muestra
Read length2 × 100 bp
TAT4–6 semanas
🔬

Total RNA-Seq

Depleción de rRNA (Ribo-Zero) para capturar mRNA + lncRNA + snoRNA + RNAs no codificantes. Ideal para FFPE, muestras degradadas y descubrimiento.

Librería tipoTruSeq Total RNA · Ribo-Zero (Gold / Globin / Plant / Microbe / Plus)
Output9–15 Gb / muestra
Read length2 × 150 bp
TAT4–6 semanas
🧬

small RNA-Seq

Captura específica de RNAs pequeños (miRNAs, piRNAs, 16–40 nt). Útil para microRNAs reguladores, biomarcadores circulantes y descubrimiento.

Librería tipoSMARTer smRNA · NEBNext Small RNA · QIAseq miRNA
Read length75 cycle single-end
TAT4–6 semanas

¿Necesitas Iso-Seq full-length (PacBio Revio · 1.5–10 kb HiFi) para reconstruir transcriptos completos sin ensamblaje? Consulta con un especialista →

Requerimientos de muestra

Cada librería RNA tiene sus propias especificaciones.

Las cantidades mínimas, RIN aceptable y concentraciones varían significativamente entre mRNA, Total RNA y small RNA — y dentro de cada categoría, según la librería específica (TruSeq stranded, Ribo-Zero variantes, SMARTer, NEBNext, QIAseq, SureSelectXT RNA Direct, etc.). Consulta los requerimientos validados oficiales en nuestro hub de recursos para evitar rechazos en QC.

📁 Ver requerimientos por librería Consultar con especialista
Free tool · Google Colab

🧬 FASTQ.gz Viewer + Quality Control

Inspecciona tus archivos .fastq.gz antes o después del análisis: estructura de lecturas + histograma Phred (Q30) + contenido GC + calidad por posición estilo FastQC. Sin instalación, sin servidor, gratis.

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🛠

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★ Reportes de ejemplo · sample

Vea cómo se ven nuestros reportes.

Diseño oficial idéntico al que recibirá su proyecto · datos ficticios · disponibles en Madrid y Santiago.

📊 RNA-Seq · mRNA

Vea cómo se ve nuestro reporte mRNA-Seq Basic.

Transcriptoma con poly-A selection · alineamiento + cuantificación TPM/FPKM.

mRNA-Seq Basic

Transcriptome Quantification

TPM
macrogen
Sample: RNA-001 · Reference: GRCh38 + GENCODE
QC metricResult
Total reads (PE)52,4 M
% Q3095,2 %
Unique mapped94,1 %
Genes detected17.842
Top expressed genes (TPM)
GAPDH
8.421
ACTB
7.103
RPL13A
5.998
B2M
5.218
TUBB
4.547
Pipeline: HISAT2 v2.2.1 · StringTie · DESeq2
★ SAMPLE
Vista previa · clic para descargar PDF completo (2,1 MB)
★ RNA-Seq · mRNA

Qué incluye su reporte.

mRNA-Seq con poly-A selection: QC, alineamiento HISAT2/STAR, cuantificación de transcritos y normalización TPM/FPKM. El reporte base sobre el que se construye cualquier análisis RNA-Seq downstream.

  • ✓
    Read QC
    FastQC pre/post-trimming · Q-score · adapter content
  • ✓
    Alignment stats
    HISAT2/STAR · % mapped uniquely · multi-mapped
  • ✓
    Gene quantification
    HTSeq-count + StringTie · TPM/FPKM tables
  • ✓
    Strand specificity
    Verificación de protocolo strand-specific
  • ✓
    Saturation analysis
    Curva de saturación de detección de genes
  • ✓
    Top expressed
    Top 50 genes con mayor expresión por muestra

Documento ejemplo · datos ficticios · diseño oficial usado en Madrid y Santiago.

📊 RNA-Seq · Total

Vea cómo se ve nuestro reporte Total RNA-Seq.

rRNA-depleted · captura coding + non-coding (mRNA · lncRNA · snoRNA).

Total RNA-Seq

rRNA-depleted Transcriptome

rRNA-
macrogen
Sample: TotalRNA-001 · Library: Ribo-Zero
mRNA · 61%
lncRNA · 18%
snoRNA · 8%
misc/other · 13%
ClassDetected
Known protein-coding19.421
lncRNA7.882
snoRNA / scaRNA412
Novel transcripts+ 1.214
rRNA residual< 2 %
Pipeline: STAR · StringTie · Salmon · DESeq2
★ SAMPLE
Vista previa · clic para descargar PDF completo (3,0 MB)
★ RNA-Seq · Total

Qué incluye su reporte.

Total RNA-Seq con depletion ribosomal: captura mRNA + lncRNA + snoRNA + miRNA precursores. Ideal para descubrimiento de transcritos no codificantes y análisis full-length isoform.

  • ✓
    RNA biotypes
    Distribución por tipo (mRNA/lncRNA/snoRNA/misc)
  • ✓
    Novel transcripts
    StringTie reference-guided de novo
  • ✓
    Isoform diversity
    Detección y cuantificación de isoformas
  • ✓
    Strand-specific
    Verificación 2x del protocolo strand
  • ✓
    rRNA depletion
    % rRNA contamination residual
  • ✓
    Coverage uniformity
    Body coverage curve por isoforma

Documento ejemplo · datos ficticios · diseño oficial usado en Madrid y Santiago.

📊 RNA-Seq · DEG

Vea cómo se ve nuestro reporte DEG · Non-Human.

Differential expression para plantas, modelos animales, levaduras. DESeq2/edgeR.

DEG Non-Human

Differential Expression

DEG
macrogen
Comparison: Treatment vs Control · Species: A. thaliana
Volcano Plot
↑ 412
UP-regulated
↓ 287
DOWN-regulated
─ 18.293
non-significant
Filter: |LFC| ≥ 1 · padj < 0,05 · DESeq2 / edgeR
★ SAMPLE
Vista previa · clic para descargar PDF completo (3,6 MB)
★ RNA-Seq · DEG

Qué incluye su reporte.

Análisis Differential Gene Expression (DEG) usando DESeq2 o edgeR para organismos no-humanos. Volcano plots, heatmaps, MA plots y reportes ranked listos para enviar a publicación.

  • ✓
    Sample QC
    PCA · correlation matrix · sample clustering
  • ✓
    DESeq2 / edgeR
    Diferencial entre condiciones · LFC · padj
  • ✓
    Volcano plots
    Visualización p-value vs log2 fold change
  • ✓
    MA plots
    Mean expression vs LFC scatter
  • ✓
    Heatmap top DE
    Z-score normalized · clustering jerárquico
  • ✓
    Gene tables
    CSV con todos los DE genes filtrables

Documento ejemplo · datos ficticios · diseño oficial usado en Madrid y Santiago.

📊 RNA-Seq · Full Human

Vea cómo se ve nuestro reporte DEG Human · GO/KEGG/VC/Fusion.

DEG humano completo + enriquecimiento GO + KEGG pathway + variant calling RNA-Seq + gene fusions.

DEG · Human

Full transcriptome + VC + Fusion

GO/KEGG
macrogen
Patient: P-HG001 · Reference: GRCh38
📊 DEG
↑ 1.842 / ↓ 962
DESeq2 · padj<0,05
🧬 GO terms
187 enrich.
BP · MF · CC
🗺️ KEGG
42 paths
enriched FDR<0,1
🧪 VC + Fusion
3 fusions
STAR-Fusion
Top KEGG pathways
PathwayGenesFDR
PI3K-Akt signaling871,2e-12
MAPK signaling623,4e-9
Cell cycle455,1e-7
clusterProfiler · enrichR · STAR-Fusion · FusionCatcher
★ SAMPLE
Vista previa · clic para descargar PDF completo (5,2 MB)
★ RNA-Seq · Full Human

Qué incluye su reporte.

Análisis RNA-Seq humano end-to-end: DEG + enriquecimiento funcional Gene Ontology, KEGG pathways, variant calling desde RNA-Seq (RNA-VC) y detección de gene fusions con STAR-Fusion. El paquete completo para investigación traslacional.

  • ✓
    DEG analysis
    DESeq2 vs edgeR · multi-comparison
  • ✓
    GO enrichment
    Biological Process · Molecular Function · CC
  • ✓
    KEGG pathway
    Mapeo de DE genes a vías KEGG con FDR
  • ✓
    Variant calling (VC)
    GATK4 desde BAM RNA-Seq · SNV/Indel
  • ✓
    Gene fusions
    STAR-Fusion · FusionCatcher · validación
  • ✓
    Publication figures
    PDF/SVG vectorial listos para journals

Documento ejemplo · datos ficticios · diseño oficial usado en Madrid y Santiago.

📊 RNA-Seq · Small RNA

Vea cómo se ve nuestro reporte Small RNA.

miRNA · snRNA · piRNA · alineamiento miRBase + target prediction.

Small RNA

miRNA / piRNA / snRNA

miRNA
macrogen
Sample: sRNA-001 · DB: miRBase v22
Read length distribution (nt)
18 ────── 22 (miRNA peak) ────── 32 nt
miRNAReadsLFC
hsa-miR-21-5p421.882+3,8
hsa-miR-155-5p312.401+2,4
hsa-let-7a-5p298.114−1,9
miRDeep2 · miRanda · TargetScan · DESeq2
★ SAMPLE
Vista previa · clic para descargar PDF completo (6,9 MB)
★ RNA-Seq · Small RNA

Qué incluye su reporte.

Análisis Small RNA-Seq end-to-end: alineamiento contra miRBase, identificación de miRNAs nuevos con miRDeep2, predicción de targets (miRanda + TargetScan) y diferencial entre condiciones.

  • ✓
    Read distribution
    Tamaño 18-35 nt · pico esperado en 22 nt
  • ✓
    Mapping
    miRBase v22 · Rfam · piRBase para piRNA
  • ✓
    Novel miRNAs
    miRDeep2 · hairpin structure + score
  • ✓
    Target prediction
    miRanda + TargetScan combined
  • ✓
    DE miRNAs
    DESeq2 entre condiciones · padj
  • ✓
    Isomir analysis
    Variantes 5p/3p y mismatches

Documento ejemplo · datos ficticios · diseño oficial usado en Madrid y Santiago.

★ Reportes interactivos en vivo

Más reportes HTML navegables.

Reportes oficiales generados con nuestros pipelines · ábrelos directamente en el navegador.

🧬
★ HTML Interactivo

Total RNA · TRR Report

rRNA-depleted · full transcriptome QC

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