Cuantifica qué genes se están expresando, en qué cantidad y cómo cambian entre condiciones. Resultados con bioinformática completa y reporte listo para publicación.
Nuestro flujo estándar de RNA-Seq incluye preparación de librería con TruSeq Stranded mRNA (poly-A) o Ribo-Zero (rRNA depletion), secuenciación en NovaSeq X Plus y un pipeline bioinformático completo para identificar genes diferencialmente expresados (DEGs).
El reporte final incluye matrices de cuentas (TPM, FPKM, raw counts), análisis estadístico con DESeq2 o edgeR, visualizaciones (PCA, volcano plots, heatmaps) y enriquecimiento funcional con Gene Ontology (GO) y KEGG.
Aplicaciones: caracterización de respuestas a tratamientos, comparación entre tejidos, perfiles tumorales, biología del desarrollo y estudios de respuesta inmune.
| FASTQ crudos | R1 + R2 por muestra |
|---|---|
| Matriz de cuentas | Raw · TPM · FPKM |
| DEG analysis | DESeq2 / edgeR / limma |
| Visualizaciones | PCA · MA-plot · volcano · heatmap |
| Enriquecimiento | GO · KEGG · Reactome |
| Reporte HTML | Interactivo · listo para revisar |
Para análisis de expresión diferencial gen-a-gen entre condiciones.
| Reads | ~30 M PE / muestra |
|---|---|
| Read length | 2 × 100 bp |
| TAT | 4 semanas |
Mayor profundidad para detección de splicing alternativo y lncRNAs.
| Reads | ~60 M PE / muestra |
|---|---|
| Read length | 2 × 150 bp |
| TAT | 5 semanas |
Long reads para reconstruir transcriptos completos sin ensamblaje.
| Plataforma | PacBio Revio |
|---|---|
| Read length | 1.5–10 kb HiFi |
| TAT | 6–8 semanas |
| Tipo | Tejido fresco/congelado (RNAlater) · células en cultivo · sangre PAXgene · RNA total extraído |
|---|---|
| Cantidad mín. | 500 ng RNA total (ideal: 1–2 µg) |
| RIN | ≥7 para tejido (≥6 para FFPE) |
| Concentración | ≥20 ng/µL |
| Pureza | A260/280: 1.9–2.1 · A260/230: ≥1.8 |
| Almacenamiento | -80°C · evitar ciclos congelación/descongelación |