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¿Qué significa "NGS"?
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Las tres opciones más comunes
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Whole Genome Sequencing (WGS)
Ut enim ad minima veniam, quis nostrum exercitationem ullam corporis suscipit laboriosam, nisi ut aliquid ex ea commodi consequatur. Quis autem vel eum iure reprehenderit qui in ea voluptate velit esse quam nihil molestiae consequatur.
Whole Exome Sequencing (WES)
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RNA-Seq (Transcriptoma)
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"Antes de elegir tecnología, define la pregunta científica. La tecnología debe servir a la pregunta, no al revés."
Cómo decidir en 3 preguntas
- ¿Necesitas variantes regulatorias o sólo codificantes? Si te basta con la región codificante, WES ahorra mucho costo. Si te interesan variantes en intrones o regiones reguladoras, vas por WGS.
- ¿Te interesa qué genes están activos y no qué genes existen? Entonces RNA-Seq es lo tuyo.
- ¿Tu organismo tiene un genoma de referencia? Si no, vas a necesitar long reads (PacBio HiFi) para hacer un ensamblaje de novo de calidad publicable.
Conclusión
Temporibus autem quibusdam et aut officiis debitis aut rerum necessitatibus saepe eveniet ut et voluptates repudiandae sint et molestiae non recusandae. Itaque earum rerum hic tenetur a sapiente delectus, ut aut reiciendis voluptatibus maiores alias consequatur aut perferendis doloribus asperiores repellat.
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